주님 눈물 성당에서 오르막 길로 약 200m 올라가면 주님의 기도 성당이 나온다. 가르멜 수녀원이 관리하는 이 성당에는 예수님께서 가끔 머무시면서 기도하셨고 제자들에게 주님의 기도를 가르치셨다고 전해지는 동굴이 있다(마태 6,9-13; 루카 11,2-4).

　일부 성경고고학자들은 이 곳이 예수께서 예루살렘의 멸망과 최후의 심판(마태 24,1-26,2)에 대해 말씀하신 곳이라고 주장한다.

　예수님 부활 기념 성당, 베들레헴 예수님 탄생 기념 성당과 함께 콘스탄티누스 시대 3대 대성당으로 불린 주님의 기도 성당은 614년 이슬람 군에 의해 파괴됐다. 지금 성당은 1875년에 건립한 것으로 60여개국 언어로 쓰여진 주님의 기도문 판이 현시돼 있다. 부산교구가 기증한 우리말 기도문도 있다.